| 书名 | 来源 | 大小MB |
| 本草品汇精要.卷17至42.共四十二卷刘文泰等撰.王世昌等绘.明弘治十八年彩绘写本-19册 | 民间搜集 | 989 |
| 本草品汇精要 卷10至16 共四十二卷 刘文泰 王世昌 明弘治十八年彩绘写本-20册 | 民间搜集 | 1041 |
| 本草品汇精要 卷01至09 共四十二卷 缺卷7 8 刘文泰 王世昌 明弘治十八年彩绘写本-10册 | 民间搜集 | 638 |
| 本草綱目52卷圖3卷E 35--50-10册 | 馆藏珍本 | 421 |
| 本草綱目52卷圖3卷D 18--34-5册 | 馆藏珍本 | 317 |
| 本草綱目52卷圖3卷C 13--17-9册 | 馆藏珍本 | 704 |
| 本草綱目52卷圖3卷B 01--12-12册 | 馆藏珍本 | 737 |
| 本草綱目 選者李時珍（明）正徳04年刊本 45冊-10册 | 馆藏珍本 | 765 |
| 本草纲目.卷26至卷52.总52卷.明李时珍著.明万历二十四年金陵胡成龙刻本-15册 | 馆藏珍本 | 837 |
| 本草纲目.卷01至卷25.总52卷.附插图2卷.明李时珍著.明万历二十四年金陵胡-2册 | 馆藏珍本 | 34 |
| 本草纲目.卷01至卷25.总52卷.附插图2卷明李时珍著.明万历二十四年金陵胡成龙刻本-27册 | 馆藏珍本 | 1630 |
| 重修政和经史证类备用本草.30卷.宋.唐慎微撰.蒙古定宗四年张存惠晦明轩刻本.1957年人民卫生出版社影印本_1-57 | 馆藏珍本 | 51.5 |
| 新刻太乙仙制本草药性大全.8卷.首一卷.明王文洁汇校.明万历10年陈氏积善堂刊本.1582年-6册 | 馆藏珍本 | 408 |
| 图像本草蒙筌.十二卷.明.陈嘉谟汇编.明崇祯元年万卷楼周如泉刊本-6册 | 海外回流 | 454 |
| 食療正要 巻之1-4 松岡玄達撰 松岡子勅校 | 海外回流 | 50.51 |
| 炮炙全書-巻第1-4-稲宜義纂-2册 | 海外回流 | 37 |
| 医心方.丹波康赖撰.30.卷三十.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-26册 | 海外回流 | 94 |
| 医心方.丹波康赖撰.29.卷二十九.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-22册 | 海外回流 | 84 |
| 医心方.丹波康赖撰.28.卷二十八.总三十卷.江户时代抄本.东京国立博物馆藏-23册 | 海外回流 | 60 |
| 医心方.丹波康赖撰.27.卷二十七.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-20册 | 海外回流 | 74 |
| 医心方.丹波康赖撰.26.卷二十六.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-20册 | 海外回流 | 71 |
| 医心方.丹波康赖撰.25.1.卷二十五.一.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-10册 | 海外回流 | 39 |
| 医心方.丹波康赖撰.24.卷二十四.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-20册 | 海外回流 | 68 |
| 医心方.丹波康赖撰.23.卷二十三.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-22 | 海外回流 | 75 |
| 医心方.丹波康赖撰.20.卷二十.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-16 | 海外回流 | 54 |
| 医心方.丹波康赖撰.19.卷十九.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-26册 | 海外回流 | 85 |
| 医心方.丹波康赖撰.18.卷十八.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-30册 | 海外回流 | 89 |
| 医心方.丹波康赖撰.17.卷十七.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-17册 | 海外回流 | 58 |
| 医心方.丹波康赖撰.16.卷十六.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-20册 | 海外回流 | 80 |
| 医心方.丹波康赖撰.15.卷十五.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-25册 | 海外回流 | 80 |
| 医心方.丹波康赖撰.14.卷十四.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-10册 | 海外回流 | 38 |
| 医心方.丹波康赖撰.13.卷十三.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-16 | 海外回流 | 63 |
| 医心方.丹波康赖撰.12.卷十二.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-40册 | 海外回流 | 122 |
| 医心方.丹波康赖撰.11.卷十一.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-20 | 海外回流 | 80 |
| 医心方.丹波康赖撰.10.卷十.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-18册 | 海外回流 | 72 |
| 医心方.丹波康赖撰.09.卷九.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-16 | 海外回流 | 58 |
| 医心方.丹波康赖撰.08.卷八.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-18 | 海外回流 | 66 |
| 医心方.丹波康赖撰.06.卷六.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-18册 | 海外回流 | 64 |
| 医心方.丹波康赖撰.05.卷五.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-10册 | 海外回流 | 41 |
| 医心方.丹波康赖撰.04.卷四.总三十卷.十三世纪抄本.东京国立博物馆藏-16册 | 海外回流 | 58 |
| 医心方.丹波康赖撰.03.卷三.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-26册 | 海外回流 | 90 |
| 医心方.丹波康赖撰.02.卷二.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-15册 | 海外回流 | 61 |
| 医心方.丹波康赖撰.01.卷一.总三十卷.十二世纪抄本.东京国立博物馆藏-15 | 海外回流 | 65 |
| 重修政和經史證類備用本草三十卷01-15册 | 海外回流 | 50 |
| 重修政和經史證類備用本草三十卷04-25册 | 海外回流 | 82 |
| 重修政和經史證類備用本草三十卷05-20册 | 海外回流 | 66 |
| 重修政和經史證類備用本草三十卷07-25册 | 海外回流 | 80 |
| 重修政和經史證類備用本草三十卷08-25册 | 海外回流 | 82 |
| 重修政和經史證類備用本草三十卷10-25册 | 海外回流 | 83 |
| 重修政和經史證類備用本草三十卷22-25册 | 海外回流 | 81 |
| 新鐫藥性會元. 梅得春編集 -6册 | 海外回流 | 129 |
| 脈藥聯珠藥性食物考. 龍柏著; 龍炳, 龍煥較_; 吳兆初參較 -24册 | 海外回流 | 618 |
| 本草萬方鍼線; 本草藥品總目 蔡烈先輯 -4册 | 海外回流 | 184 |
| 汤液本草-王海藏 | 海外回流 | 4.56 |
| 汤液本草2卷.01.元.王好古撰.美国国会图书馆藏明刻东垣十书零本-2册 | 海外回流 | 49 |
| 神农本草经百种录-徐灵胎 | 同行捐赠 | 1.33 |
| 神农本草经疏-缪希雍 | 同行捐赠 | 29.12 |
| 神农本草经辑校 | 同行捐赠 | 58.07 |
| 七新药-3册 | 海外回流 | 50 |
| 朋百氏药论卷二 | 海外回流 | 13.15 |
| 炮制全书-2册 | 海外回流 | 35 |
| 雷公炮制-2册 | 海外回流 | 83 |
| 救荒本草-4册 | 海外回流 | 128 |
| 合肥張紹棠本本草綱目序言 | 民间搜集 | 2.11 |
| 合肥張紹棠本本草綱目序例目錄-2册 | 民间搜集 | 7 |
| 合肥張紹棠本本草綱目凡例及總目 | 民间搜集 | 3.83 |
| 合肥張紹棠本本草綱目-41册 | 民间搜集 | 124 |
| 备急八药新论-3册 | 海外回流 | 37 |
| 本草品汇精要 | 手抄古籍 | 96.67 |
| 本草经百种录-3册 | 馆藏珍本 | 48 |
| 本草乘雅半偈 | 馆藏珍本 | 17.98 |
| 保赤全书-2册 | 海外回流 | 73 |
| 华氏中藏经 上下 内照法_0 | 馆藏珍本 | 95.09 |
| 何氏八百年医学下 | 馆藏珍本 | 4.24 |
| 仏説七倶胝仏母心大准提陀羅尼経.(唐)地婆訶羅訳 | 海外回流 | 5.97 |
| 敦煌中医药全书_11646205 | 同行捐赠 | 55.59 |
| 敦煌中医药精萃发微_10227215 | 同行捐赠 | 20.52 |
| 药征续编-3册 | 海外回流 | 37 |
| 药征-3册 | 海外回流 | 43 |
| 药品手引草-2册 | 海外回流 | 94 |
| 新添修治纂要-3册 | 海外回流 | 76 |
| 日用食鑑-3册 | 海外回流 | 44 |
| 朋百氏药论-2册 | 海外回流 | 25 |
| 炮制全书-2册 | 海外回流 | 35 |
| 古书医言-4册 | 海外回流 | 50 |
| 东垣十书-20册 | 海外回流 | 661 |
| 分經藥性賦 潘宗元 程潤之 | 手抄古籍 | 24.23 |
| 香字抄-3册 | 手抄古籍 | 73 |
| 神效药书 | 手抄古籍 | 9 |
| 新修本草 | 手抄古籍 | 19.07 |
